Desde o outono de 1996 o queijo Appenzeller® é produzido também com leite biológico (em conformidade com as diretivas da BIO-SUISSE). O seu sabor é idêntico ao do queijo Appenzeller® Suave e Aromático, que apresenta o mesmo período de maturação. Distingue-se, portanto, pelo nome impresso em relevo (BIO) e pela etiqueta especial com a designação BIO.